Od 1. 1. 2002, kedy sa uskutočnila posledná významná zmena organizačnej štruktúry ústavu, sa vedeckovýskumný úsek delí na 5 oddelení:

Oddelenie optoelektronických meracích metód

• Vedúci: RNDr. Miroslav Hain, PhD.
  
• Zástupca: Ing. Ľubomír Ondriš, CSc.

Oddelenie magnetometrie

• Vedúci: Ing. Ján Maňka, CSc.
• Zástupca: RNDr. Alexander Cigáň, CSc.

Oddelenie teoretických metód

• Vedúci: Doc. RNDr. Viktor Witkovský, CSc.
• Zástupca: RNDr. Anna Krakovská, CSc.

Oddelenie zobrazovacích metód

• Vedúci: Prof. Ing. Ivan Frollo, DrSc.
• Zástupca: Ing. Peter Andris, PhD.

Oddelenie biomeraní

• Vedúci: Doc. Ing. Milan Tyšler, CSc.
• Zástupca: Ing. Jana Švehlíková, PhD.